Premda je 15 godina bio na vlasti i spremao Italiju za rat, oružane snage Benita Musolinija su nespremne dočekale početak Drugog svjetskog rata. Zbog toga je odlučio da odloži ulazak Italije u rat dok ne bude potpuno siguran koja će strana pobijediti.
Tek nakon pada Francuske u junu 1940, nadajući se da će rat trajati samo još nekoliko nedjelja, stupio je u oružani sukob. Njegova agresija na Grčku u novembru iste godine svima je pokazala da nije ništa učinio kako bi popravio katastrofalno stanje u italijanskim oružanim snagama.
Učestali italijanski porazi na svim frontovima i anglo-američko iskrcavanje na Siciliju 1943. okrenuli su većinu Musolinijevih kolega protiv njega na sastanku Velikog fašističkog vijeća 25. jula 1943. To je omogućilo kralju da mu oduzme mandat.
Konstituirana je nova vlada, čiji je predsjednik bio maršal Badoljo. Po kraljevom naređenju Mussolini je uhapšen i stavljen u kućni pritvor. Plašeći se mogućnosti da bi Nijemci mogli pokušati da ga oslobode, Italijani su stalno mijenjali mjesto njegovog boravka. Međutim, 12. septembra 1943. godine njemački padobranci izvršili su desant u blizini hotela „Kampo Imperatore“ na planini Gran Saso, u kojem je Musolini bio zatvoren, i oslobodili ga bez ijednog ispaljenog metka.
U pripremi ove operacije učestvovao je Hitlerov najsposobniji komandos, pukovnik Oto Skorceni, koji je lično dopratio Mussolinija u Berlin. Nakon spašavanja Mussolini je na sjeveru Italije formirao marionetsku državu pod nazivom Republika Salo.
U aprilu 1945, u trenucima kada su se savezničke snage približavale Milanu, a njemačke povlačile iz Italije, Mussolinija su zajedno sa njegovom ljubavnicom Klarom Petači u selu Dongo na jezeru Komo, kod mjesta Đulino di Mecegra, 27. aprila 1945. uhvatili italijanski partizani pri pokušaju bijega u Švicarsku. Strijeljan je po kratkom postupku.
Narednog dana Mussolinijevo tijelo, zajedno s tijelima drugih poznatih fašista, obješeno je naglavačke u mjestima Komo i Milano (u jakim uporištima fašista) kako bi se protivnici fašizma narugali fašistima. Rat su preživjeli Mussolinijeva supruga Rakele s dvojicom sinova (Vitorio i Romano) i kćerkom (Eda), udovica grofa Ćana. Treći sin, Bruno, poginuo je u avionskoj nesreći.
